Os últimos anos resultaram em um esfriamento do comércio entre o Brasil e o Japão, contudo, a pandemia gerada pelo Covid-19 pode reaproximar os dois países, na busca conjunta do reestabelecimento da economia.
Está em discussão a possibilidade de um acordo comercial de parceria econômica entre Japão e Mercosul, o que melhoraria o ambiente de negócios, auxiliando na retirada de barreiras no mercado japonês. Um exemplo de barreira que seria retirada envolve a tarifa de importação estabelecida pelo Japão para proteger os produtores nacionais de suínos. Essa tarifa incide sobre todos os produtos de carne suína importados, independentemente do país de origem.
O setor privado também defende a internalização do Acordo sobre Assistência Administrativa Mútua e Cooperação em Assuntos Aduaneiros, firmado em 2017 pelos dois países. Esse compromisso prevê o intercâmbio das informações entre as aduanas dos dois países, facilitando o comércio de bens e a cooperação nas áreas de pesquisa e desenvolvimento de novos procedimentos aduaneiros.
O Japão foi o sexto principal parceiro comercial brasileiro em 2019, com uma corrente de comércio de US$ 9,5 bilhões. Esse valor, no entanto, ficava em média acima de US$ 15 bilhões por ano até 2013, quando começou a declinar.
O Japão também é o quinto maior investidor estrangeiro no Brasil, em grande parte no setor automotivo e seus componentes, mas o Brasil ocupa a 24ª posição entre os investimentos estrangeiros no Japão.