O Tribunal de Contas da União (TCU) está desenvolvendo quatorze ações prioritárias para reconhecer os problemas do transporte aquaviário no Brasil. Dentre elas, foi constatado que não há política pública específica que fomente à cabotagem de contêiner.
O modal de cabotagem utiliza a via marítima ou as vias navegáveis interiores para realizar o transporte entre portos ou pontos territoriais. Além da falta de fomento a utilização deste modal, a Corte de Contas concluiu que o sistema de informação governamental não propicia dados que permitam o monitoramento das ações à navegação de cabotagem em contêiner.
Também foi constatado que a Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq) não promove a competitividade entre os atores do setor. A falta de atuação da agência propicia a baixa utilização do modal e distancia o regime de eficiência previsto pela política setorial.